राष्ट्रीय स्वयंसेवक संघ (RSS) ने भी पूर्व राष्ट्रपति प्रणब मुखर्जी (Pranab Mukherjee) के निधन पर शोक जताया है. RSS ने उन्हें अपना मार्गदर्शक बताते हुए निधन को संगठन के लिए एक बड़ी क्षति बताया है. राष्ट्रीय स्वयंसेवक संघ के सरसंघचालक मोहन भागवत (Mohan Bhagwat) और सरकार्यवाह सुरेश भय्याजी जोशी के हवाले से जारी बयान में कहा गया है कि मुखर्जी का जाना संघ के लिए एक अपूरणीय क्षति है.

संघ ने कहा कि कुशल प्रशासक, राष्ट्र-हित सर्वोपरि का भाव जीवन में रखने वाले, राजनैतिक अस्पृश्यता (Political Untouchability) से परे और सभी पार्टियों में समान रूप से सम्मानित, मितभाषी (कम बोलने वाले), लोकप्रिय पूर्व राष्ट्रपति प्रणब मुखर्जी आज अपनी जीवन यात्रा पूरी कर परम तत्व में विलीन हो गए.
"हमारे लिए तो वे एक मार्दर्शक थे"

संघ प्रमुख मोहन भागवत ने श्रद्धांजलि देते हुए कहा, "भारत के राजनैतिक-सामाजिक जीवन में आए इस खालीपन को भरना आसान नहीं होगा. संघ के प्रति उनके प्रेम और सद्भाव के चलते हमारे लिए तो वे एक मार्दर्शक थे. उनका जाना संघ के लिए एक अपूरणीय क्षति है. सभी परिवारजनों को गहरी संवेदना जताते हुए भगवान से प्रार्थना है कि वे अपने श्री चरणों में स्थान दें."